レガルザイン─。　精霊“マナ”という存在と，その力である源素で満たされた世界。

　すべての形あるものは源素で構成され，マナの意思と加護の元，人々は暮らしていた。

　世界の人々にとって風や木などの自然存在と同じであるマナ。普通の人々には感じることぐらいしかできない存在。

　そんなマナたちと，友人のように話すことができる人々がいた。

　彼らはマナの能力とその力である源素を使って，なにもないところに物を創りだすという能力を持つ。その力を極めれば，希少である「金」ですら作り出せる人々。

　彼らは「錬金術士」─そう呼ばれていた。

　高名な錬金術士であった祖母ダフネに育てられ，彼女の元で錬金術を学んだ17歳の少年クレイン・キースリンクは，彼女の安らかな死を機会に，彼女を超えるような錬金術士を目指し，友人である木のマナ─ポポと旅をしていた。

　そして南エスビオール地方のとある森─。

　マナの力に引かれこの地にやってきたクレインは，思いがけず強力な魔物に襲われる。マナの力も尽き窮地に陥ったクレインを助けたのは，彼と同じぐらいの歳のリイタという少女だった。

　近くの街カボックで魔物を狩る仕事をしているという彼女。危険だから一緒に行こうという彼女の申し出を，自尊心からか冷たく断るクレイン。

　しかし彼女と別れてから，助けてもらった礼も素直に言えなかったと，ひどく落ち込むのであった。

　やがて森を抜け，大きく切り開かれた崖の上から，遠くエスビオール平野を見渡すクレイン。

　その視線に飛び込んできたのは，緩やかな平野に角のように明らかに不自然に飛び出した山，そしてその山頂にある都市のようなもの。それこそが不可侵の天空都市として，この地方で有名なアバンベリーであった。

　クレインとリイタ，少年と少女。やがて閉ざされた天への扉を叩き，この天空都市を目指すことになる2人は，まだその運命を知らなかった─。