この作品では，ゲーム全体の時間の流れを「フェイズ」という単位に区切り，さらに1フェイズを10ターンに分けている。
多くの場合ひとつの戦闘につき１ターンが消費され（例外あり），10ターン＝1フェイズが終わるごとに戦局が進んでミッションが一新される。
ターンはミッション途中でエアベースに戻ったり，撃墜されて強制的にエアベースに戻されたりしても消費されるので，ミッションの成否によっては規定のフェイズの中でゲーム進行に必要なミッションをこなせないことも起こりうる。
そうなると，最悪の場合ゲームオーバーとなってフェイズの最初からやり直すハメになるので，ミッションひとつひとつが重みを持ってくるのだ。
ここでは，ひとつのミッションが完了するまでの流れを順に追っていこう。
ブリーフィングルームに行くと，現在選択可能なミッションが提示される。 ミッションによって難易度が表示されており，それに参加可能な小隊も決まっている。
そこからその小隊内の好きなキャラクターを選んでミッションを遂行するのである。ただし，作戦上優先的に処理しなければならないミッションもある。
ミッションを決定すると，ブリーフィング開始。作戦の目的がここで明らかになる。ブリーフィングの内容にはミッションの達成条件が示されているので，聞き漏らすことのないようにしたい。
■ミッションを選択する。☆マークが多いほど難易度も高い。
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■ブリーフィングでの会話には攻略のヒントが隠されていることもある。
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ブリーフィングが終了したら，ハンガーへ向かい3小隊・9名のパイロットからプレイヤーが操作可能なキャラが表示される。 選べる小隊はミッションによって変わるが，この中から自由にキャラを選ぶことが可能だ。
選択したパイロットが現在所有している機体の中から，搭乗する機体をチョイス。もちろん前のミッションなどで破壊されてしまい修理が終わっていない機体は選ぶことができない。
■パイロット選択。これと決めたキャラだけを使って集中的に戦果を上げるもよし，ミッション内容に合わせて，さまざまなキャラで遊んでみるもよし。
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■空中戦主体なのか，地上攻撃主体なのか，ミッションによって適した機体を選ぶことでミッションの難易度も変わってくる。
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ミッションを見事にクリアすれば，エアベースに無事帰還。デブリーフィング（報告会）画面となり，このミッションでの戦果とそれに見合った報酬が表示される。
 報酬は作戦そのものに懸けられた報奨金と撃破した目標によって算出されるほか，敵を破壊した武装の種類によっては「テクニカルボーナス（機関砲・投下型爆弾は報奨金2倍，ロケット弾は3倍）」が与えられる。
報酬を得たら，次回のミッションに備えて新たな機体や兵装を購入したり，ハンガーで機体を改造したりすることができる。
購入できる機体はゲーム序盤では限られているが，ゲームストーリーが進むにつれてショップの品揃えも充実してくる。
また兵装の交換や機体改造での「フェライト塗装（ステルス性を高める塗装）」は，難易度に影響するばかりでなく，ミッションによってはかなり重要な意味を持ってくる。
次のミッションへの準備が完了したら，またブリーフィングルームへ行き新たな戦場へと向かわねばならない。 この戦いが終結するまで，デルタ小隊に安息の日はない。
■時々エアベースに現れ，新しい機体が入ったことを知らせるハリー。このメッセージが出たらショップをのぞいてみよう。
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■次々に入荷される新機体。懐具合や機体の性能を吟味して購入を決めるのもいいし，趣味でいろいろ試してみるのも楽しい。
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敵に撃墜されたり，機体を制御できずに墜落したり，あるいは制限時間以内にミッションの達成条件をクリアできなかった場合，そのミッションは失敗となる。
制限時間を越えてしまうとワールドマップ上の作戦ポイントに戻され，最初からやりなおしとなるが，それまでにミッションで受けたダメージや残弾数は引き継がれる。
エアベースに戻ればダメージと弾数は回復するが，その移動でターンが消費されてしまうことを念頭に置かねばならない。
さらに機体を破損してしまった場合は，強制的にエアベースに戻され，その機体は使用不能となる。 使用不能になった機体は，ハンガーで相応の金額を支払って修理してもらわなければ戦列に復帰させることはできないので注意が必要だ。
ちなみに，各キャラクター初期機体のみ，無料で修理してくれる。お金がなくなって出撃できない……なんてことにはならないのでご安心を。
■自分の機体が撃墜されると，飛行機を愛してやまないボブの怒りの洗礼を食らうことに。
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■破壊された機体は，有料ながら修理すればまた使用することができるようになる
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