ソリッド・スネークはそのFOXHOUNDに所属していた，伝説的な潜入工作員である。要塞国家アウターヘブン，続くザンジバーランドの戦いを経た後，一線を退き，隠遁生活を送っていた。しかし，シャドー・モセス事件において再びFOXHOUNDに駆り出され，三度メタルギアと合い間見える。

　そのシャドー・モセス事件において，スネークはアウターヘブン，ザンジバーランドを率いていたビッグボスの遺伝子から作られたクローンだと知ることになる。現在は反メタルギア財団“フィランソロピー”に所属し，反メタルギア活動を展開している。