それは「リリーのアトリエ」の時代の，もうひとつのストーリー。
　リリーを慕う少女と，彼女が創り出したホムンクルスの，語られることのなかった物語……。

　ヘルミーナは，アカデミーに所属する錬金術師の卵。

　幼いころから身体が弱かったこともあり，室内での読書が大好き。
　そのおかげか，持って生まれた素質のためか，錬金術師としての技術と知識はなかなかのものですが，人付き合いは少々苦手です。

　ある時，彼女は，禁断の技術と呼ばれる人工生命体「ホムンクルス」創造に成功します。

　初めて創り出した疑似生命に大喜びのヘルミーナ。しかし，生まれたばかりのホムンクルスには，知識も感情もありません。

　そこでヘルミーナは，このホムンクルスに工房の手伝いをさせながら，育てていくことにします。

　名前はクルス。

　こうしてクルスは，ザールブルグの人々とふれあいながら，言葉を憶え，いろいろな体験をして，ヘルミーナとの幸せな時間を過ごすことに。

　そして，最初は研究対象でしかなかったはずのクルスに心を開きはじめるヘルミーナと，次第に感情らしきものが芽生えてくるクルス。

　その先に待ち受けている結末とは……？