新駅開業や新型車両の導入もありますが、各社で運行本数の削減が目立ちます。
JR東海

東海道新幹線では、早朝・夜間の「のぞみ」30本を速達化し、東京〜新大阪間の所要時間を最大6分短縮します。
在来線では、特急列車名に冠していた愛称「ワイドビュー」が消え、「しなの」「ひだ」「南紀」「ふじかわ」「伊那路」に改称されます。

中央本線(名古屋〜中津川間)の快速・普通列車は、一部の列車に新型車両「315系」を投入します。同区間では4〜10両の列車が混在していますが、終日で8両編成に統一されます。10両編成を8両編成化することで、平日朝通勤時間帯には上り列車の増発も行われます。
中央本線の「ホームライナー」は運転区間を名古屋〜瑞浪間に統一し、これまで一部列車が通過していた高蔵寺、大曽根、鶴舞に全ホームライナーが停車するようになります。

関西線では、全ての区間快速を八田駅と春日駅に停車させます。
東海道本線や中央本線では深夜時間帯の運転間隔を改善し、名古屋駅での最終新幹線からの乗り換え時間を短縮します。また、利用状況を踏まえ、名古屋・岐阜を発車する一部の最終列車の発車時刻を繰り上げます。

静岡地区の東海道本線では、土休日に運転している「ホームライナー浜松」「ホームライナー静岡」「ホームライナー沼津」全6本が廃止されます。
JR西日本
山陽新幹線では、山陽エリアから首都圏や名古屋への、日帰りでの滞在可能時間が拡大する時刻調整を実施します。

博多から東京への始発「のぞみ2号」は、博多駅発を15分繰り上げ6時発となります。新たに新山口駅に停車し、新大阪駅には8時28分、東京駅には10時57分に到着できるようになります。
また、姫路から東京への始発「のぞみ82号」は、姫路駅は従来通り6時発としながら、東京駅到着時刻を3分繰り上げ、東京駅に8時57分に到着できるようになります。
下り列車では、東京から広島・福山への最終「のぞみ109号」の東京駅発車時刻を9分繰り下げ20時発に設定。所要時間も短縮されます。

在来線では、特急「サンダーバード」「しらさぎ」「くろしお」「こうのとり」「きのさき・はしだて」「スーパーはくと」「やくも」について、週末(金曜・土曜・日曜・祝日)を中心に運転本数を増やします。

おおさか東線では、普通列車で運用される車両が全て「221系」に置き換えられます。これに伴い、現在運行されている「201系」はおおさか東線から引退となります。
山陽本線では、岡山〜福山間で運転されている快速「サンライナー」を廃止。山陰本線では、米子〜益田間で運転されている快速「アクアライナー」を廃止します。