今回のMGS3では，その擬装をもう一歩進めた“カムフラージュ”，早い話が迷彩という要素が新たに加わった。

　今までのMGSでは舞台となるのが建造物内であることが多かった。この場合，身を潜めるにはその建造物の構造自体を利用することができた。

　しかし，今回の舞台はジャングルがメインとなっている。密林となると隠れられる場所は意外に多そうだが，実際はそうでもない。オープンなスペースを移動することも多く，そういったシチュエーションは裸で歩いているような心細さがある。

　そこで心強いのが迷彩服という存在だ。

　迷彩服の基本概念は形状の輪郭を曖昧にすることである。例えば3色で構成されたパターンの内，背景と1色でも似た色があれば，人としての形状，つまり輪郭は曖昧になる。3色が全て背景と似た色，そして模様であれば，訓練されていない目では，それを身に纏った者を発見するのは非常に困難となる。

　MGS3ではスタンダードなウッドランド迷彩やリーフパターン，ベトナム戦争で活躍したタイガーストライプなど，冷戦時代に使用されていたスタンダードなパターンが最初から用意されている。これ以外にもゲームを進める中で手に入るものがいくつかある。

　これらを周囲の環境にあわせて選び身を潜めると，現在のカムフラージュの度合いを具体的な数値でプレイヤーに教えてくれる。数値が90%あればすぐ目の前に敵がいても動かなければ見つかる確率は非常に低い。

　ジャングルと環境で行動する上で，このカムフラージュの導入はある意味必要なシステムだったとも言える。

　また，カムフラージュは何も迷彩ばかりではない。あくまで“擬装”が目的なのであり，前述のダンボール箱もその一つだ。そして身元を偽るという意味で“変装”もその範疇に入る。MGS3ではこれらも活用することになるだろう。