8月28日に発生した障害で一部メールが消失していた。
ヤフーは9月6日、Yahoo!メールにおいて約97万IDのユーザーに送られた約258万通が消失したと発表した。
8月28日10時20分から20時ころまでの間、一部のユーザーが「Yahoo!メールにアクセスできない」という障害が発生(障害は現在解消されている)。この障害に伴い、全Yahoo!メール利用者(約5000万ID)中、障害の対象となった約260万IDに送られたメールの一部が消失したことが9月3日17時ころに確認されたとのこと。

ヤフーでは対象範囲の特定作業とともに、消失したメールの復旧を試みたが9月5日に断念。障害の対象となったユーザー約260万IDのうち、約97万IDのユーザーに送られた約258万通のメールが消失したと結論づけた。
障害復旧時(8月28日)、サイトには「メールの消失はありません」と告知していた。ヤフーでは訂正とともに謝罪している。現在、Yahoo!メールのトップページに消失の有無を確認するツールへのリンクが表示されている。消失の可能性のあるユーザーは確認するよう呼びかけている。

なお、メール消失の原因については、8月28日に発生したストレージ障害時に切り替えた緊急用システムに不具合があり、当該期間中に受信したメールの一部が消失したと発表している。