iOS13でのみ起こる事象とのこと。
LINEは10月9日、iOS版LINEについて、アプリやOSのアップデート時にトークや友だちなどのデータが消えてしまう不具合を確認したと発表しました。

こちらの不具合は、iOS 13以降のバージョンを利用している場合のみ発生が確認されています。トーク履歴以外のデータはアプリの再インストールで復旧が可能。トーク履歴については、事前にバックアップしていない限り元に戻せず、またバックアップの仕様により画像やスタンプは復元できません。
LINEは対策として、「お手数をおかけしますが、該当バージョンをお使いの方は、あらかじめOS/LINEのアップデート前にトークのバックアップをお願いいたします」とアップデート前の事前バックアップを呼びかけています。
