理化学研究所および調査委員会は12月26日、STAP細胞論文に関する調査結果について記者会見を行い、論文内でSTAP細胞とされていたものについて、既存の「ES細胞」が混入していた可能性が高いと発表した。
なぜES細胞が混入したのかは不明。STAP細胞作成中はインキュベーターの周囲に人がいないことが多く、夜間に入ることができた人も多かった。またES細胞混入の目撃者や直接の証拠もなく、故意か過失か、誰が行ったかは確認できなかったという。
また調査の結果、新たに2つの図（細胞増殖曲線・DNAメチル化実験）についても小保方氏によるデータのねつ造が認定された。
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