JR東日本・JR西日本は、1月1日夕方に発生した地震の影響で、新幹線などで運転見合わせが発生していると報告しています（以下、1日19時時点の情報）。
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新幹線
北陸新幹線は、長野〜金沢駅間で終日運転を取りやめ。2日以降の運転計画は、わかり次第知らせるとしています。
上越新幹線は、越後湯沢〜新潟駅間の上下線で運転を見合わせており、運転再開見込は立っていないとのこと。東北新幹線、秋田新幹線、山形新幹線、東海道新幹線、山陽新幹線にも遅れがでています。
新幹線の運行状況（JR東日本Webサイトから）
北陸新幹線の運行状況（JR西日本Webサイトから）
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在来線
羽越本線、信越本線、北陸本線などで運転を見合わせており、奥羽本線、中央本線などに遅延が発生しています。
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